天然温泉在地底下以还原态存在，氧化性的消毒杀菌剂如氯系、臭氧与二氧化氯等会破坏天然温泉的还原性成分而使温泉性质丕变，使硫化氢、硫代硫酸根、亚铁〔Fe2+〕、砷〔As3+〕、亚硝酸等天然温泉特有的性质产生变化；其中硫化氢、硫代硫酸根被氧化成硫磺和硫酸；亚铁被氧化成红褐色的氢氧化铁成为不溶性的沉淀物；如果温泉中有残余氯的话，硫磺泉和铁泉将不复存在；砷〔As3+〕与亚硝酸将被氧化变成As5+和硝酸；若酸性泉用氯则会使得有毒的氯气产生，碱性泉则会降低氯的杀菌效果；含有腐植酸质的着色泉加氯则会被破坏，残余氯甚至将产生有毒的三氯甲烷等等；这些改变使得天然温泉的消毒杀菌要较一般的游泳池和自来水的消毒显得复杂许多，其主要原因就是要在不破坏天然温泉成分的情况下解决温泉的消毒杀菌问题，保护天然温泉的疗效，维护传统泡汤养生文化的延续，兼顾合理的温泉卫生管理。
公共浴池卫生管理要领「公共浴池卫生管理要领修正条文」

●公共浴池应使用氯系药剂消毒，且应经常测量浴池水中的自由余氯的浓度，并且持续保持在0.2至0.4ppm 之间，自由余氯浓度大不可超过1.0 ppm。

●如果浴池水的性质或其他条件导致无法使用氯系药剂的情况、或是浴池水的酸碱度pH较高，导致氯系药剂杀菌减弱、或是以臭氧杀菌等其他方法进行适当的消毒措施者，则不在此限制之内。

附注1

如果浴池水是使用温泉为水源时，应事前进行调查温泉成分和氯系药剂是否有冲突。

附注2

所谓氯系药剂不能使用的情况有下列：低酸碱度pH的泉质会导致有毒氯气外溢的情况、含高量有机质的泉质，氯系药剂的投入有困难的情况、没有循环配管的浴池，其温泉补充量量大，自由余氯浓度维持困难的情况等，这些不适合加入氯系药剂的场合，其浴池应每日换水，并对浴池、过滤器及循环配管充分地清洁与消毒，防止生物膜的生成。

附注3

若是使用氯系药剂作为高酸碱度pH泉质的消毒时，为保证对退伍军人症菌属的有效杀菌效果，须要提高自由余氯浓度至0.5～1.0 ppm剂量且加长接触时间，以作充分的消毒。

附注4

臭氧、紫外线、银离子与光触媒杀菌等消毒方法，应与氯系消毒药剂并用，以保障杀菌的。同时，如果采用臭氧杀菌等其他消毒方法时，应有退伍军人症菌属杀菌验证。

附注5

使用臭氧杀菌时，高浓度的臭氧对人体有害，应备有活性炭等臭氧废气的处理装置，在浴池水中不应该有含臭氧的气泡存在。

附注6

使用紫外线杀菌时，应考虑紫外线的透射率、浴池水的温度与照度。同时，保护紫外线灯的石英管若有沾粘污渍时其杀菌效力将降低，因此平时管理时应保持石英管的清洁。